Храм Митрофана Воронежского в селе Малакеево построен на месте деревянного храма XIX века.

По архивным данным, деревянный храм святителя Митрофана Воронежского в селе Малакеево был построен в 1844 году. В течение нескольких лет артель плотников возводила деревянный храм, затем приезжие иконописцы расписывали стены и потолок сценами из жизни святых угодников. Церковь была освящена Воронежским епископом и названа Митрофановской, в честь святого Митрофания. Имела три престола - главный во имя святого Митрофания Воронежского, два других - во имя Святителя и Чудотворца Николая и святого великомученика Георгия Победоносца.

В период коллективизации, в 1930-х годах с колокольни снят и разбит колокол. Жители подняли бунт и церковь открыли. В период немецкой оккупации в церкви был склад. В последующие годы церковь продолжала действовать.

В 1989 году при проведении реставрационных работ храм сгорел. Началось строительство нового каменного храма. В 1992 году закончилось строительство храма.

В скором времени после освящения (в 1993 году) насельник Троице-Сергиевой Лавры игумен Платон (Панченко) в дар храму передал список с чудотворной иконы Божией Матери «Споручница грешных». Этот образ сейчас особенно почитается и прихожанами, и паломниками, прибывающими сюда из других сёл и городов.